אמנם, התורה אינה כותבת כלל שיש להרוג את השעיר, אלא רק לשלחו - "ושילח את השעיר במדבר". "מדבר", כמובן, הוא שטח פתוח, ולא צוק, ולכן מפשט הפסוקים נראה שיש לשחרר את השעיר במדבר, ולא להמיתו. מדוע, אפוא, סטה המדרש מפשט הכתובים וקבע כי יש להרוג את השעיר?
"מלך מוחל וסולח לעוונותינו ולעוונות עמו בית ישראל" - אם כבר נאמר לעוונותינו , למה נאמר "לעוונות בית ישראל"?
מה היו עושים בבית המקדש, אם השעיר שאמור להשתלח לעזאזל היה מת לפתע באמצע היום?
הכפרה של השעיר המשתלח אין בה כלל כפרת יחיד. בעלי הקורבן הם כלל ישראל. הכפרה של "בעיצומו של יום מכפר", זו הכפרה שיש לנו עתה "כי ביום הזה יכפר עליכם", היא כפרה לפרט וכפרה לכלל, כפרה ליחיד וכפרה לכנסת ישראל. ואולם, הכפרה של השעיר בזמן שבית המקדש היה קיים, לא היה בה כלל כפרה לפרט.
כחלק מתהליך עבודת הכהן הגדול ביוה"כ נמצאת חובת הכהן להקריב פר חטאת אשר בו הוא מתוודה קודם כל על עצמו וביתו, לאחר מכן על כל קהילת הכהנים, ולבסוף הוא מתוודה על השעיר המשתלח בעד כל עדת ישראל וזאת כחלק מתהליך הכפרה. כפי שמופיע במשניות במסכת יומא, כחלק מתהליך הכפרה על עמ"י, ישנו צורך שיהיו שני